Он был вновь открыт в 1802 г. императором Александром I как российский университет, обучение в котором осуществлялось на немецком языке. Главный корпус Тартуского университета — один из ярчайших образцов классической архитектуры в Эстонии. Здание было построено в 1804-1809 гг. по проекту архитектора Иоганна Вильгельма Краузе на месте бывшей Мариинской церкви.

Тарту становится важным российским научным центром, где возводятся оборудованная на мировом уровне обсерватория, медицинские клиники, открываются научная библиотека и ботанический сад. Он стал местом соприкосновения русской и немецкой культур. Уникальным в масштабе всей России Тартуский университет был благодаря своей роли в подготовке выдающихся ученых во всех областях научных исследований и высокопоставленных чиновников для империи, в особенности для юриспруденции и дипломатии.

Затем университет был переименован в Юрьевский Имперский университет (по русскому названию Тарту) в 1893 г. К этому времени, в силу ассимиляционных процессов, значительная часть российских немцев, особенно преподавателей, уже достаточно хорошо владела русским языком и стала фактически двуязычной. Русский язык стал языком преподавания в 1892-1918 гг. вследствие политики русификации Александра III.

Во время Первой мировой войны университет снова был временно закрыт, и открылся 1 декабря 1919 г., став первым университетом с обучением на эстонском языке. В настоящее время преподавание в университете ведётся на эстонском и английском языках; филологические дисциплины преподаются на изучаемых языках (в том числе — на русском).

Источники: https://www.ut.ee/ru/924131; https://www.travelzone.lv/eesti/gorod/tartu/ulikool/index.html.