С присоединением Литвы к России вуз был назван Вильнюсской высшей школой, а 16 апреля 1803 года императором Александром I актом Главная виленская школа была преобразована в Императорский Виленский университет. Попечителем Виленского учебного округа был назначен князь Адам Чарторыйский, способствовавший расцвету университета. Чарторыйский занимал должность попечителя до 1823 года, совмещая её с различными постами. После восстания 1831 года, в котором участвовали профессура и студенты, по приказу царя Николая I университет был закрыт.

Только в 1919 г., когда Польша захватила Виленский край, университет возобновил работу по указу Юзефа Пилсудского. С 1919 года по 1939 год он именовался университетом Стефана Батория. Среди студентов университета в то время был будущий лауреат Нобелевской премии по литературе Чеслав Милош.

Университет меняет свой уклад по образцу советских вузов, когда Литва входит в состав СССР в 1940 году. Во время фашистской оккупации университет был закрыт, но на этот раз ненадолго, так как уже осенью 1944 года он открывается. В 1968 году был спроектирован и построен студенческий городок в районе Антакальниса. С провозглашением в 1990 году Литвой независимости университет получает статус автономии.

Источники: https://www.vu.lt/en/about-us/history; https://para.by/edufar/text/50.