За время существования новой структуры были разработаны и приняты важные документы, создающие законодательную основу работы таможенной службы. В 1992 г. был принят закон «Об основах организации таможенной службы Республики Беларусь». В нем были определены правовые и организационные аспекты таможенного дела, а также основные задачи таможенной службы. Через год, в 1993 г. был введен в действие Таможенный кодекс и принят Закон «О таможенном тарифе».

В 1997 г. была принята новая редакция закона «О таможенном тарифе», а 17 июля 1998 г. был введен в действие новый Таможенный кодекс Республики Беларусь. 2 февраля 2000 г. было утверждено новое Положение о ГТК РБ. Во многом это было связано с возникновением Союзного государства России и Беларуси.

Одним из последних документов такого рода стала новая редакция Таможенного кодекса Республики Беларусь, вступившая в силу 1 июля 2007 г. В новом Таможенном кодексе были учтены принципы регулирования внешнеторговых отношений Всемирной таможенной организации и механизмы таможенного регулирования, а также изложены основные функции таможенных органов Республики Беларусь.

В настоящее время, таможенная служба Беларуси, взаимодействуя с погранслужбой, МВД и КГБ  успешно противодействует международной преступности и терроризму.