В марте 1794 г. в Речи Посполитой началось восстание, которое возглавил Т. Костюшко. Огинский очень горячо его поддержал. Так, в одном из писем своей жене Изабелле он называет ее не «княгиней», а «гражданкой». После завершения восстания в ноябре 1794 г. Огинский вместе с женой эмигрировал в Италию. Покидая Польшу он написал свое самое известное произведение – полонез «Прощание с Родиной».

В 1802 г. Огинский вернулся на Родину по амнистии. Ему была возвращена большая часть поместий. В 1810 г. дворянство Виленской и Гродненской губерний решило направить Огинского в Петербург как своего представителя для совещания по экономическим и административным делам края. Император Александр I в июне 1810 г. принял Огинского и позже назначил его тайным советником и сенатором.

После возращения из эмиграции Огинский поселился в имении Залесье недалеко от Сморгони, расположенном рядом с Гродно (сейчас – Республика Беларусь). Там он жил на протяжении 20 лет и превратил свое имение в настоящий культурный центр, жизнь которого была насыщена музыкальными событиями. В Залесье им был построен новый дворец в классическом стиле и разбит парк с оранжереей. Современники называли Залесье «Северными Афинами». Здесь бывали многие поэты, писатели, ученые и, конечно, музыканты.

Михаил Огинский умер 15 октября 1833 г. в окружении своей семьи во Флоренции, где он жил последние 10 лет. Сегодня известно около 60 его фортепианных и вокальных произведений, в том числе 26 полонезов, 4 марша, 3 мазурки, галоп и менуэт. Однако у музыканта было также много неопубликованных или изданных небольшими тиражами произведений, которые еще не найдены.